La CDC fait de la gouvernance l’un de ses fondements organisationnels. Le dispositif mis en place décrit le processus de prise de décision et se veut garant du respect des règles de contrôle interne et de maîtrise des risques.
La CDC est un établissement public dirigé par un Directeur Général nommé sur proposition du Chef du Gouvernement. Le Directeur Général exerce ses fonctions sous le contrôle d’une Commission de Surveillance présidé par le Ministre des Finances.
La CDC est dotée également de plusieurs comités stratégiques et exécutifs constituant ses organes décisionnels dont les règles de fonctionnement sont fixées par le décret-loi n° 2011-85 du 13 septembre 2011 portant sa création.